L'îlot a subi une grave dégradation au cours des 500 dernières années, en raison de facteurs tels que la chasse aux tortues, l'invasion de plantes et d'animaux exotiques, le braconnage et la déforestation. Des programmes d'éradication récents ont réussi à éliminer tous les mammifères terrestres. Une grande partie de la flore actuelle est exotique, avec de vastes zones de broussailles envahissantes, cependant certaines des franges côtières ne sont pas lourdement dégradées et il y a de petites zones de bois de palmiers restants. Gunner's Quoin a des populations d'oiseaux marins (puffins à queue cunéiforme et oiseaux tropicaux) et de reptiles (scinque de Bojers, scinque de Boutons, gecko diurnes orné et gecko nocturne), mais on pense que quatre à cinq espèces ont été perdues ces derniers temps (Telfair's scinque, Boa à écailles de quille, une ou les deux espèces de tortues et Boa fouisseur). Gunner's Quoin représente un écosystème fonctionnel, adapté aux conditions difficiles de l'îlot, et possède toujours une biodiversité relativement élevée. Cependant, de nombreuses espèces de plantes composantes sont exotiques et ont envahi avec succès de vastes étendues de l'îlot, en particulier la zone centrale.
L'objectif proposé de la gestion de la conservation de Gunner's Quoin est de restaurer l'écosystème dans une communauté ou une forêt mixte riche en palmiers indigènes, semblable à l'écosystème présent il y a 4 ou 500 ans. Pour ce faire, il est proposé qu'une approche averse au risque soit proposée: gestion adaptative de l'écosystème. Cette approche utilise un certain nombre de techniques pour étendre progressivement la composante végétale indigène de l'écosystème tout en s'assurant que l'écosystème conserve sa fonctionnalité et sa résilience conséquente. En raison de la nature inexacte de cette approche, une approche rigoureuse et scientifique du suivi et de l'évaluation est nécessaire pour fournir une rétroaction et orienter les futures interventions. Des techniques de gestion adaptative à faible risque sont proposées pour les trois principales suites de biotopes: la forêt résiduelle, les communautés côtières frangées et les broussailles / prairies exotiques envahissantes. Le maintien d'une approche à faible risque pour la restauration des écosystèmes exige que les introductions possibles d'autres espèces de reptiles soient examinées lorsque, à l'avenir, des données scientifiquement solides sur les impacts négatifs possibles sur les espèces de reptiles et les effets secondaires existants, par exemple sur les invertébrés, est adéquate pour la prise de décision.
